stormm::diskutil::PhaseSpace Member List

This is the complete list of members for stormm::diskutil::PhaseSpace, including all inherited members.

buildFromFile(const std::string &file_name_in, const CoordinateFileKind file_kind=CoordinateFileKind::UNKNOWN, int frame_number=0)	stormm::diskutil::PhaseSpace
data(HybridTargetLevel tier=HybridTargetLevel::HOST) const	stormm::diskutil::PhaseSpace
data(CoordinateCycle orientation, HybridTargetLevel tier=HybridTargetLevel::HOST) const (defined in stormm::diskutil::PhaseSpace)	stormm::diskutil::PhaseSpace
data(HybridTargetLevel tier=HybridTargetLevel::HOST) (defined in stormm::diskutil::PhaseSpace)	stormm::diskutil::PhaseSpace
data(CoordinateCycle orientation, HybridTargetLevel tier=HybridTargetLevel::HOST) (defined in stormm::diskutil::PhaseSpace)	stormm::diskutil::PhaseSpace
exportToFile(const std::string &file_name, double current_time=0.0, TrajectoryKind traj_kind=TrajectoryKind::POSITIONS, CoordinateFileKind output_kind=CoordinateFileKind::AMBER_INPCRD, PrintSituation expectation=PrintSituation::UNKNOWN) const	stormm::diskutil::PhaseSpace
fill(const T *xcrd, const T *ycrd, const T *zcrd, TrajectoryKind kind=TrajectoryKind::POSITIONS, CoordinateCycle cycle_in=CoordinateCycle::WHITE, int scale_bits=0, const double *box_dims=nullptr)	stormm::diskutil::PhaseSpace
fill(const std::vector< T > &xcrd, const std::vector< T > &ycrd, const std::vector< T > &zcrd, TrajectoryKind kind=TrajectoryKind::POSITIONS, CoordinateCycle cycle_in=CoordinateCycle::WHITE, int scale_bits=0, const std::vector< double > &box_dims={}) (defined in stormm::diskutil::PhaseSpace)	stormm::diskutil::PhaseSpace
getAtomCount() const	stormm::diskutil::PhaseSpace
getBoxDimensionsHandle(CoordinateCycle orientation) const	stormm::diskutil::PhaseSpace
getBoxDimensionsHandle() const (defined in stormm::diskutil::PhaseSpace)	stormm::diskutil::PhaseSpace
getBoxDimensionsHandle(CoordinateCycle orientation) (defined in stormm::diskutil::PhaseSpace)	stormm::diskutil::PhaseSpace
getBoxDimensionsHandle() (defined in stormm::diskutil::PhaseSpace)	stormm::diskutil::PhaseSpace
getBoxSizePointer(CoordinateCycle orientation, HybridTargetLevel tier=HybridTargetLevel::HOST) const	stormm::diskutil::PhaseSpace
getBoxSizePointer(CoordinateCycle orientation, HybridTargetLevel tier=HybridTargetLevel::HOST) (defined in stormm::diskutil::PhaseSpace)	stormm::diskutil::PhaseSpace
getBoxSizePointer(HybridTargetLevel tier=HybridTargetLevel::HOST) const (defined in stormm::diskutil::PhaseSpace)	stormm::diskutil::PhaseSpace
getBoxSizePointer(HybridTargetLevel tier=HybridTargetLevel::HOST) (defined in stormm::diskutil::PhaseSpace)	stormm::diskutil::PhaseSpace
getBoxSpaceTransform(CoordinateCycle orientation, HybridTargetLevel tier=HybridTargetLevel::HOST) const	stormm::diskutil::PhaseSpace
getBoxSpaceTransform(HybridTargetLevel tier=HybridTargetLevel::HOST) const (defined in stormm::diskutil::PhaseSpace)	stormm::diskutil::PhaseSpace
getBoxSpaceTransformPointer(CoordinateCycle orientation, HybridTargetLevel tier=HybridTargetLevel::HOST) const	stormm::diskutil::PhaseSpace
getBoxSpaceTransformPointer(CoordinateCycle orientation, HybridTargetLevel tier=HybridTargetLevel::HOST) (defined in stormm::diskutil::PhaseSpace)	stormm::diskutil::PhaseSpace
getBoxSpaceTransformPointer(HybridTargetLevel tier=HybridTargetLevel::HOST) const (defined in stormm::diskutil::PhaseSpace)	stormm::diskutil::PhaseSpace
getBoxSpaceTransformPointer(HybridTargetLevel tier=HybridTargetLevel::HOST) (defined in stormm::diskutil::PhaseSpace)	stormm::diskutil::PhaseSpace
getBoxTransformHandle(CoordinateCycle orientation) const	stormm::diskutil::PhaseSpace
getBoxTransformHandle() const (defined in stormm::diskutil::PhaseSpace)	stormm::diskutil::PhaseSpace
getBoxTransformHandle(CoordinateCycle orientation) (defined in stormm::diskutil::PhaseSpace)	stormm::diskutil::PhaseSpace
getBoxTransformHandle() (defined in stormm::diskutil::PhaseSpace)	stormm::diskutil::PhaseSpace
getCoordinateHandle(CartesianDimension dim, TrajectoryKind kind, CoordinateCycle orientation) const	stormm::diskutil::PhaseSpace
getCoordinateHandle(CartesianDimension dim, TrajectoryKind kind=TrajectoryKind::POSITIONS) const (defined in stormm::diskutil::PhaseSpace)	stormm::diskutil::PhaseSpace
getCoordinateHandle(CartesianDimension dim, TrajectoryKind kind, CoordinateCycle orientation) (defined in stormm::diskutil::PhaseSpace)	stormm::diskutil::PhaseSpace
getCoordinateHandle(CartesianDimension dim, TrajectoryKind kind=TrajectoryKind::POSITIONS) (defined in stormm::diskutil::PhaseSpace)	stormm::diskutil::PhaseSpace
getCoordinatePointer(CartesianDimension dim, TrajectoryKind kind, CoordinateCycle orientation, HybridTargetLevel tier=HybridTargetLevel::HOST) const	stormm::diskutil::PhaseSpace
getCoordinatePointer(CartesianDimension dim, TrajectoryKind kind, CoordinateCycle orientation, HybridTargetLevel tier=HybridTargetLevel::HOST) (defined in stormm::diskutil::PhaseSpace)	stormm::diskutil::PhaseSpace
getCoordinatePointer(CartesianDimension dim, TrajectoryKind kind=TrajectoryKind::POSITIONS, HybridTargetLevel tier=HybridTargetLevel::HOST) const (defined in stormm::diskutil::PhaseSpace)	stormm::diskutil::PhaseSpace
getCoordinatePointer(CartesianDimension dim, TrajectoryKind kind=TrajectoryKind::POSITIONS, HybridTargetLevel tier=HybridTargetLevel::HOST) (defined in stormm::diskutil::PhaseSpace)	stormm::diskutil::PhaseSpace
getCoordinatePointer(CartesianDimension dim, CoordinateCycle orientation, HybridTargetLevel tier=HybridTargetLevel::HOST) const (defined in stormm::diskutil::PhaseSpace)	stormm::diskutil::PhaseSpace
getCoordinatePointer(CartesianDimension dim, CoordinateCycle orientation, HybridTargetLevel tier=HybridTargetLevel::HOST) (defined in stormm::diskutil::PhaseSpace)	stormm::diskutil::PhaseSpace
getCyclePosition() const	stormm::diskutil::PhaseSpace
getFileName() const	stormm::diskutil::PhaseSpace
getFormat() const	stormm::diskutil::PhaseSpace
getInterlacedCoordinates(TrajectoryKind kind=TrajectoryKind::POSITIONS, HybridTargetLevel tier=HybridTargetLevel::HOST) const	stormm::diskutil::PhaseSpace
getInterlacedCoordinates(CoordinateCycle orientation, TrajectoryKind kind=TrajectoryKind::POSITIONS, HybridTargetLevel tier=HybridTargetLevel::HOST) const (defined in stormm::diskutil::PhaseSpace)	stormm::diskutil::PhaseSpace
getInterlacedCoordinates(int low_index, int high_index, TrajectoryKind kind=TrajectoryKind::POSITIONS, HybridTargetLevel tier=HybridTargetLevel::HOST) const (defined in stormm::diskutil::PhaseSpace)	stormm::diskutil::PhaseSpace
getInterlacedCoordinates(int low_index, int high_index, CoordinateCycle orientation, TrajectoryKind kind=TrajectoryKind::POSITIONS, HybridTargetLevel tier=HybridTargetLevel::HOST) const (defined in stormm::diskutil::PhaseSpace)	stormm::diskutil::PhaseSpace
getInverseTransform(CoordinateCycle orientation, HybridTargetLevel tier=HybridTargetLevel::HOST) const	stormm::diskutil::PhaseSpace
getInverseTransform(HybridTargetLevel tier=HybridTargetLevel::HOST) const (defined in stormm::diskutil::PhaseSpace)	stormm::diskutil::PhaseSpace
getInverseTransformHandle(CoordinateCycle orientation) const	stormm::diskutil::PhaseSpace
getInverseTransformHandle() const (defined in stormm::diskutil::PhaseSpace)	stormm::diskutil::PhaseSpace
getInverseTransformHandle(CoordinateCycle orientation) (defined in stormm::diskutil::PhaseSpace)	stormm::diskutil::PhaseSpace
getInverseTransformHandle() (defined in stormm::diskutil::PhaseSpace)	stormm::diskutil::PhaseSpace
getInverseTransformPointer(CoordinateCycle orientation, HybridTargetLevel tier=HybridTargetLevel::HOST) const	stormm::diskutil::PhaseSpace
getInverseTransformPointer(CoordinateCycle orientation, HybridTargetLevel tier=HybridTargetLevel::HOST) (defined in stormm::diskutil::PhaseSpace)	stormm::diskutil::PhaseSpace
getInverseTransformPointer(HybridTargetLevel tier=HybridTargetLevel::HOST) const (defined in stormm::diskutil::PhaseSpace)	stormm::diskutil::PhaseSpace
getInverseTransformPointer(HybridTargetLevel tier=HybridTargetLevel::HOST) (defined in stormm::diskutil::PhaseSpace)	stormm::diskutil::PhaseSpace
getSelfPointer() const	stormm::diskutil::PhaseSpace
getStorageHandle() const	stormm::diskutil::PhaseSpace
getStorageHandle() (defined in stormm::diskutil::PhaseSpace)	stormm::diskutil::PhaseSpace
getUnitCellType() const	stormm::diskutil::PhaseSpace
initializeForces(CoordinateCycle orientation)	stormm::diskutil::PhaseSpace
initializeForces() (defined in stormm::diskutil::PhaseSpace)	stormm::diskutil::PhaseSpace
operator=(const PhaseSpace &other)	stormm::diskutil::PhaseSpace
operator=(PhaseSpace &&other)	stormm::diskutil::PhaseSpace
PhaseSpace(int atom_count_in=0, UnitCellType unit_cell_in=UnitCellType::NONE, HybridFormat format_in=default_hpc_format)	stormm::diskutil::PhaseSpace
PhaseSpace(const std::string &file_name_in, CoordinateFileKind file_kind=CoordinateFileKind::UNKNOWN, int frame_number=0, HybridFormat format_in=default_hpc_format) (defined in stormm::diskutil::PhaseSpace)	stormm::diskutil::PhaseSpace
PhaseSpace(const std::string &file_name_in, const AtomGraph &ag, CoordinateFileKind file_kind=CoordinateFileKind::UNKNOWN, int frame_number=0, HybridFormat format_in=default_hpc_format) (defined in stormm::diskutil::PhaseSpace)	stormm::diskutil::PhaseSpace
PhaseSpace(const std::vector< PhaseSpace * > &input_crd, const std::vector< AtomGraph * > &input_top, const std::vector< int > &counts) (defined in stormm::diskutil::PhaseSpace)	stormm::diskutil::PhaseSpace
PhaseSpace(const PhaseSpace *ps_a, const AtomGraph *ag_a, const PhaseSpace *ps_b, const AtomGraph *ag_b) (defined in stormm::diskutil::PhaseSpace)	stormm::diskutil::PhaseSpace
PhaseSpace(const PhaseSpace &ps_a, const AtomGraph &ag_a, const PhaseSpace &ps_b, const AtomGraph &ag_b) (defined in stormm::diskutil::PhaseSpace)	stormm::diskutil::PhaseSpace
PhaseSpace(const PhaseSpace &original, const std::vector< int > &atom_list, HybridFormat format_in=default_hpc_format) (defined in stormm::diskutil::PhaseSpace)	stormm::diskutil::PhaseSpace
PhaseSpace(const PhaseSpace &original, const std::vector< uint > &mask, HybridFormat format_in=default_hpc_format) (defined in stormm::diskutil::PhaseSpace)	stormm::diskutil::PhaseSpace
PhaseSpace(const PhaseSpace &original)	stormm::diskutil::PhaseSpace
PhaseSpace(const PhaseSpace &original, HybridFormat format_in) (defined in stormm::diskutil::PhaseSpace)	stormm::diskutil::PhaseSpace
PhaseSpace(PhaseSpace &&original)	stormm::diskutil::PhaseSpace
updateCyclePosition()	stormm::diskutil::PhaseSpace
updateCyclePosition(CoordinateCycle time_point) (defined in stormm::diskutil::PhaseSpace)	stormm::diskutil::PhaseSpace